1.1.2 “微生物”作为操作性分类单元：非单系群性与人为归类本质

文档摘要

1.1.2 “微生物”作为操作性分类单元：非单系群性与人为归类本质在微生物组学工程实践中，我们每天都在与“微生物”这个术语打交道——它出现在测序数据的FASTQ文件名里，嵌在QIIME2的命令参数中，飘在MetaPhlAn3的输出日志里，甚至悄悄藏在你刚写完的Dockerfile里那行背后。但当你深夜调试一条失败的ASV聚类流水线，发现某个OTU在Silva 138.1中被注释为Pseudomonas，而在GTDB r214中却归属到Cellvibrionales目时，一个尖锐的问题会突然刺穿所有技术惯性：我们究竟在操作什么？