2.1.1 细菌域（Bacteria）

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2.1.1 细菌域（Bacteria）在微生物系统分类学的精密仪器台上，三域系统不是一张静态的挂图，而是一台持续校准、不断重装固件的实时分析引擎。当我们把镜头对准细菌域（Bacteria）——这个占据地球生物量半壁江山、驱动碳氮硫循环的“隐形基建队”，真正的技术挑战从来不在“它是什么”，而在于：如何从混沌的DNA碎片流中，稳定地重建一个未培养细菌的基因组草图？如何让一段GC含量仅28%的CPR基因组，和一段GC高达70%的放线菌基因组，在同一套binning流程里不互相湮灭？如何让算法既尊重16S rRNA的演化信号，又敢于推翻它——当宏基因组数据用k-mer频谱和覆盖度协方差矩阵，指着某条contig说：“这根本不是变形菌，它是DPANN的一个新分支”？