2.1.3.1 原生生物界（Protista）：囊泡虫类（Alveolata）、茸鞭生物（S...

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2.1.3.1 原生生物界（Protista）：囊泡虫类（Alveolata）、茸鞭生物（Stramenopila）、古虫界（Excavata）关键类群（如纤毛虫、硅藻、贾第鞭毛虫）当显微镜下的“隐形战争”撞上高通量测序的噪声墙：一个硅藻rRNA ITS2扩增子分析中宿主DNA污染的根因诊断与靶向清除方案凌晨两点十七分，实验室的超净台还亮着冷白光。我盯着QIAGEN柱纯化后的DNA电泳胶图——那条该在250 bp附近清晰出现的硅藻ITS2条带，被一道浓重、弥散、拖尾的18S rRNA主带彻底吞没。不是引物二聚体，不是基因组DNA残留，而是一条来自同一样本中丰度更高的纤毛虫的18S序列，它像墨汁滴进清水，把整个下游分析染成混沌的灰。这不是第一次。