5. 系统发生推断：理论、算法与验证

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系统发生推断：理论、算法与验证 5. 系统发生推断：理论、算法与验证 ——生命之树的测绘学：一场跨越尺度、时间与不确定性的认知远征倘若将生物分类学比作一部恢弘的文明史诗，那么林奈的双名法是它的语法，达尔文的演化思想是它的诗魂，而系统发生推断，则是这部史诗中真正执笔落墨、勾勒血脉经纬的史官——它不满足于为生命命名，更致力于为生命重写家谱；它不满足于静态归类，而执意在混沌的变异洪流中打捞那条隐秘却坚韧的演化主干。这不是技术的堆砌，而是一场持续百余年的认知范式革命：从形态相似性的朴素直觉，到分子序列的精密比对；从单基因片段的局部拼图，到全基因组、宏基因组、甚至古DNA交织的时空叠印；从“谁更像谁”的经验判断，到“谁在何时何地由谁分化而来”的因果建模。