5.3.1 自展值（Bootstrap）、后验概率（PP）、约简一致性指数（RCI）的解释边界

文档摘要

5.3.1 自展值（Bootstrap）、后验概率（PP）、约简一致性指数（RCI）的解释边界在系统发育推断的实践前线，我们常被问及一个朴素却锋利的问题：“这个分支，到底有多可信？” 不是教科书里那个优雅的、理想化的“真树”，而是你刚跑完RAxML、IQ-TREE或MrBayes后，屏幕上跳出来的那棵带数字标签的树——那些标在节点旁的72、94、0.98、87%，它们究竟在说什么？又在沉默什么？这不是哲学思辨，而是工程问题。当你把一份环境宏基因组组装出的127个新奇古菌基因组扔进多序列比对，用1200个直系同源蛋白构建物种树；当临床微生物团队基于全基因组SNP重建耐药克隆传播路径；