9.1.2 宏基因组学中未培养微生物的“暗物质分类学”（Dark Taxonomy）

文档摘要

9.1.2 宏基因组学中未培养微生物的“暗物质分类学”（Dark Taxonomy）在宏基因组学的深海图谱里，我们正站在一个令人不安又兴奋的临界点上：每一份环境样本中，超过70%的组装序列无法映射到任何已知的参考基因组；每百万条reads中，有42万条属于“无家可归”的开放阅读框（ORFs）——它们既不匹配NCBI RefSeq中的任一菌株，也不落在GTDB-Tk v216定义的任何门纲目科属种分支上。这不是数据噪声，而是一片广袤、沉默、尚未被命名的微生物疆域。它被称作“暗物质分类学”（Dark Taxonomy），不是因为黑暗本身具有神秘性，而是因为我们缺乏照亮它的光源——不是显微镜不够强，而是分类学的坐标系尚未延展至那里。