1.1.1 真核域内分类归属：脱离植物界的历史纠偏（1969 Whittaker五界系统→2...

文档摘要

1.1.1 真核域内分类归属：脱离植物界的历史纠偏（1969 Whittaker五界系统→2000s多界/超界模型）在系统发育基因组学的工程实践中，分类归属从来不是一纸宣言，而是一场持续数十年的多模态数据对齐、模型选择博弈与拓扑冲突消解的技术长征。当我们说“真菌脱离植物界”，这背后没有神启式的顿悟，只有一串串比对参数的反复调试、一棵棵最大似然树的bootstrap支持率挣扎、以及无数次将核糖体RNA序列从错误的进化模型中拽回正确分支的深夜debug。今天，我们就以一线系统发育工程师的身份，亲手拆解1969年Whittaker五界系统如何被2000年代的超界模型所取代——不是复述教科书结论，而是打开命令行、加载FASTA、运行IQ-TREE、解析.