2.2.1 核心标记基因选择逻辑：ITS（种级分辨）、LSU/SSU rDNA（属级以上）、...

文档摘要

2.2.1 核心标记基因选择逻辑：ITS（种级分辨）、LSU/SSU rDNA（属级以上）、RPB1/RPB2（纲目级深度支持）在分子系统学重构的工程实践中，标记基因的选择从来不是一场“选美比赛”——它是一场精密的多目标优化：既要兼顾扩增成功率与测序质量的实验可行性，又要满足系统发育信号强度、进化速率适配性、位点饱和度控制、同源比对可靠性这四重严苛约束。当我们把目光聚焦于“2.2.1 核心标记基因选择逻辑”这一枢纽节点时，ITS、LSU/SSU rDNA、RPB1/RPB2 并非并列的三个选项，而是一个分层嵌套、互为锚定、协同校验的三维分辨框架——它像一台光学显微镜的物镜组：ITS 是 40× 高倍油镜，看清种间细微褶皱；LSU/SSU 是 10× 中倍干镜，勾勒属际轮廓与科级骨架；