2.2.1.2 空间位阻与水合力

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2.2.1.2 空间位阻与水合力 2.2.1.2 空间位阻与水合力：一个被低估的“分子摩擦力”——当PDB结构精修撞上隐式溶剂模型失效的临界点你有没有在做蛋白-小分子对接时，反复跑通了Glide SP、AutoDock Vina、甚至用上了RFscore打分，结果实验验证IC₅₀却差出两个数量级？有没有在分子动力学模拟中，明明把RMSD压到0.8 Å以下，自由能计算ΔGbind却始终偏正3–5 kcal/mol，像一层看不见的油膜卡在结合口袋里？有没有调试过AMBER/CHARMM力场参数，发现某个含氟芳环侧链的构象采样总在“不该停留的位置”驻留过久，而所有常规诊断（能量分布、二面角直方图、氢键寿命）都显示“一切正常”？ ——这些不是力场不准，不是采样不足，更不是你算错了；