5.3.1.1 分子动力学 (MD)

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5.3.1.1 分子动力学 (MD) 5.3.1.1 分子动力学（MD）：当温度失控时，你真正该检查的不是 thermostat，而是 neighbor list 的 cutoff 半径与 force update 频率的隐式耦合 ——一个在 LAMMPS 生产模拟中反复吞噬 72 小时 GPU 时间的幽灵故障复盘凌晨三点十七分，集群监控面板上第 19 个 MD 任务的温度曲线突然像被掐住喉咙般剧烈抖动：从设定的 300 K 剧烈震荡至 480 K，又在下一帧跌至 210 K，标准差突破 65 K。日志里没有报错，输出的（势能）却在每 500 步出现一次尖锐负向脉冲，幅度达 −1.2×10⁴ kcal/mol。