6.1.2.1 蛋白质折叠与聚集

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6.1.2.1 蛋白质折叠与聚集 6.1.2.1 蛋白质折叠与聚集：当分子动力学模拟撞上“折叠陷阱”——一个被忽略的温度退火策略与它的三行Python修复你有没有在凌晨两点盯着GROMACS输出的日志，看着RMSD曲线像心电图一样在0.8–1.2 nm之间反复震荡，而你的蛋白质——那个本该折叠成α/β桶状结构的热休克蛋白Hsp33突变体——却固执地卡在半折叠态，既不崩解，也不收束？你反复检查拓扑文件、离子浓度、水盒尺寸，甚至重跑了三次溶剂化步骤……最后发现，问题不在力场参数，不在周期性边界条件，而在于——你给系统降温的方式，太“温柔”了。这不是故障，是设计缺陷；不是bug，是物理直觉的失效。