3.1.2.1 消除同聚物（Homopolymers）重复

文档摘要

3.1.2.1 消除同聚物（Homopolymers）重复在高通量测序（NGS）引物设计、CRISPR gRNA筛选库构建、DNA数据存储编码，乃至合成生物学中寡核苷酸文库的定制化生产里，有一类看似微小却足以让整个实验崩盘的“幽灵错误”——同聚物（homopolymers）。它不携带突变，不改变阅读框，甚至不干扰碱基配对；但它像DNA合成仪里的卡纸，像PCR扩增时的滑移陷阱，像测序仪光学信号解码时的模糊噪点。一个连续出现4次以上的相同碱基——比如、、或 ——就足以让Illumina边合成边测序（SBS）平台的荧光信号积分失真，让Ion Torrent半导体测序的pH变化曲线平缓化，让Oligo Array合成中的偶联效率断崖式下跌。