3.5.1 序列比对与聚类算法

文档摘要

3.5.1 序列比对与聚类算法在DNA数据存储的解码流水线中，“3.5.1 序列比对与聚类算法”绝非教科书里一段轻描淡写的“将测序读段映射回参考序列”的标准流程——它是一道悬于信噪比悬崖边缘的精密手术：一边是合成DNA分子在扩增、测序、化学降解过程中悄然植入的碱基错配（substitution）、插入（insertion）、缺失（deletion），甚至整段序列的倒位或重复；另一边，是原始编码比特流被压缩、分块、加冗余、交织后，以极低冗余度（常低于15%）嵌入寡核苷酸序列的设计约束。此时，比对不再是“找最像的那条”，而是“在百万级噪声读段中，逆向重构出唯一可解码的比特原像”。