1.2.1 GROMACS 发展史：从 Groningen 到全球最快算法

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1.2.1 GROMACS 发展史：从 Groningen 到全球最快算法 1.2.1 GROMACS 发展史：从 Groningen 到全球最快算法你有没有试过，在一台 64 核 CPU 的服务器上运行，结果发现并行效率反而比低了 17%？你有没有在调试 PME（Particle Mesh Ewald）计算时，发现设为 0.12 nm 比默认的 0.16 nm 多耗 23% 的 FFT 时间，但能量守恒却改善了三个数量级？你有没有在阅读时，盯着那个嵌套了七层的函数，突然意识到——这根本不是“优化”，而是一场持续二十年、由荷兰格罗宁根大学一间实验室发起的、对分子动力学底层计算范式的系统性重写？ GROMACS 不是“又一个 MD 软件”。