2.1.1.1 键伸缩、键角弯曲与二面角扭转

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2.1.1.1 键伸缩、键角弯曲与二面角扭转键伸缩、键角弯曲与二面角扭转：一个被低估的数值病灶——当Lennard-Jones势在键合项里悄悄“越界” 你有没有在分子动力学模拟中，反复遭遇这样的场景：系统能量守恒曲线在前10 ps还如丝绸般平滑，第12.3 ps突然炸出一个尖锐的正向能量 spike； NVT系综下温度震荡幅度从±0.5 K骤增至±8 K；更诡异的是，报告“bonded interaction energy is NaN at frame 4721”，而却显示所有键长都在合理范围内——既没断键，也没超限，连最保守的都没触发范德华截断异常。这不是随机噪声。这是键合相互作用（Bonded Interactions）在底层数值实现中一次沉默的叛逃。