2.1.2.2 静电相互作用：库仑定律与屏蔽效应

文档摘要

2.1.2.2 静电相互作用：库仑定律与屏蔽效应当库仑力在模拟中“失真”：一个被忽略的屏蔽常数陷阱与它的救赎你有没有遇到过这样的场景？分子动力学模拟跑完，RMSD曲线平滑得像一条被熨斗压过的丝绸，能量守恒也漂亮得无可挑剔——可当你把蛋白-配体复合物的静电势图拉出来一看，却赫然发现：带正电的精氨酸侧链周围，本该是深红色的强正电势区，竟泛着可疑的淡粉色；而邻近的天冬氨酸负电荷中心，电势等高线却像被稀释过一样，边界模糊、梯度迟钝。更诡异的是，当你把同一个体系扔进不同软件——AMBER vs CHARMM vs OpenMM——得到的结合自由能分解结果，静电项（ΔG elec ）居然相差高达 ±8.2 kcal/mol？不是小数点后两位的浮动，而是足以翻转“结合有利”与“结合不利”结论的量级。