5.1.2 回转半径 (Rg) 与蛋白质折叠紧致度

文档摘要

5.1.2 回转半径 (Rg) 与蛋白质折叠紧致度在分子动力学模拟与结构生物学的交叉前沿，回转半径（Radius of Gyration, $ Rg $）绝非一个被教科书轻描淡写带过的标量值——它是一把沉默却锋利的手术刀，能剖开蛋白质折叠路径中每一毫秒的紧致性变迁；它是一面高精度的动态棱镜，将看似混沌的构象涨落折射为可量化、可建模、可预测的物理信号。当我们说“某蛋白在变性过程中 $ Rg $ 增大 8.3 Å”，这背后不是一句结论，而是一整套坐标系对齐、质量加权、协方差矩阵求解、数值稳定性校验与误差传播控制的技术链条。若你曾因GROMACS输出的曲线在最后10 ns剧烈抖动而反复重跑模拟；若你曾困惑于为何同一PDB文件用MDTraj算出的$ Rg $比VMD显示高0.5 Å；