6.2.3 加速分子动力学 (aMD)

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6.2.3 加速分子动力学 (aMD) 加速分子动力学（accelerated Molecular Dynamics, aMD）不是一种“更快的MD”，而是一场对势能面（Potential Energy Surface, PES）进行有原则、可逆、可控的外科手术式改造——它不改变系统真实的热力学平衡态，却悄然抹平那些阻碍构象跃迁的能垒；它不伪造物理，却为采样效率注入一剂强效但可追溯的“催化剂”。当传统MD在亚毫秒尺度上踟蹰于局部极小值，aMD已悄然推开那扇通往稀有事件的大门。本节不谈概念泛泛，不列文献综述，只聚焦于你打开GROMACS或AMBER后真正要敲下的命令、要修改的参数、要验证的逻辑、要调试的陷阱——我们直抵实现内核，把aMD从论文里的公式，变成你GPU显存里奔涌的轨迹。