7.2 性能调优实践
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7.2 性能调优实践 7.2 性能调优实践：在分子尺度与计算尺度之间架设动态平衡的桥梁 当我们在GROMACS中键入 时，那不过是一行轻描淡写的指令；可就在按下回车的瞬间，数十万乃至上亿个原子开始在虚拟空间中相互推搡、振动、旋转、缔合——它们遵循牛顿第二定律 $Fi = mi ai$，而力则由Lennard-Jones势、库仑项与键合项共同编织成一张稠密的非线性作用网： $$ U{\text{total}} = \sum{bonds} kb (r - r0)^2 + \sum{angles} k\theta (\theta - \theta0)^2 + \sum{dihedrals} k\phi [1 + \cos(n\phi - \delta)] + \sum{i
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