第9章 最佳实践、陷阱与未来趋势
文档摘要
第9章 最佳实践、陷阱与未来趋势 第9章 最佳实践、陷阱与未来趋势：在原子尺度上重建科学判断力的元认知革命 我们正站在一个奇特的历史断层线上——一边是分子动力学（MD）模拟已深度嵌入药物发现、材料设计、结构生物学乃至合成生物学的毛细血管；另一边，却有超过60%发表于主流期刊的GROMACS模拟研究，在可重复性审查中暴露出系统性隐忧：能量漂移未被识别、系综采样不足却被冠以“充分平衡”，水模型与力场混搭却未做热力学一致性验证……这不是技术能力的匮乏，而是一种更深层的认知失衡：当工具日益强大，我们是否同步锻造了与之匹配的判断力基础设施？ 本章不提供操作手册式的步骤清单，亦不罗列最新力场参数或GPU加速技巧。
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