2.2.2 化学连接表 (Connection Table) 与文件格式 (SDF, MOL...

文档摘要

2.2.2 化学连接表 (Connection Table) 与文件格式 (SDF, MOL, PDB) 在分子建模、药物发现与计算化学的底层世界里，有一条看不见却无处不在的“脊椎”——它不发光，不发声，却承载着所有结构推理的起点；它不是三维坐标本身，而是比坐标更根本的拓扑契约：原子是谁、连着谁、以何种键型相连。这条脊椎，就是化学连接表（Connection Table）。当我们在PyMOL里旋转一个蛋白配体复合物，在RDKit中执行子图匹配，在OpenBabel里批量转换格式，甚至在AlphaFold2的输入预处理中剥离水分子——我们真正操作的，从来不是“画面”，而是这张表所编码的图论骨架。你或许见过文件里那几行看似枯燥的数字矩阵；