4.2.2 拓扑路径指纹：Daylight-like fingerprints

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4.2.2 拓扑路径指纹：Daylight-like fingerprints 4.2.2 拓扑路径指纹：Daylight-like fingerprints —— 从化学直觉到可复现代码的工程实践你有没有试过这样一种场景：在某个深夜调试分子相似性搜索时，明明两个结构看起来几乎一模一样——相同的环系、相同的官能团、连键顺序也完全一致，但用 RDKit 计算出的 Tanimoto 系数却只有 0.63？你反复检查 SMILES 字符串、确认没有氢原子隐式化错误、甚至手动绘制了二维坐标比对……最后发现，问题竟出在指纹生成环节：一个用了，另一个没开；或者更隐蔽地——路径截断长度设成了，而你的分子中关键区分特征恰好藏在一条长度为 3 的碳-氧-氮路径里。这不是偶然。