7.2.1.1 搜索算法：遗传算法、蒙特卡洛模拟

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7.2.1.1 搜索算法：遗传算法、蒙特卡洛模拟 7.2.1.1 搜索算法：遗传算法、蒙特卡洛模拟 ——当对接结果在RMSD=2.1Å处反复震荡，而你的蛋白口袋深处藏着一个未被采样的关键构象：一次蒙特卡洛重采样策略的实战突围你刚跑完AutoDock Vina对SARS-CoV-2 Mpro与某类拟肽抑制剂的对接，Top1构象RMSD=2.1 Å（相对于共晶结构PDB 6LU7），能量打分−8.3 kcal/mol。看起来不错？但当你把对接pose叠合进活性位点，发现催化二联体His41–Cys145之间那条关键的硫醇–咪唑氢键始终未能形成；更糟的是，侧链Glu166的羧基朝向完全错误——它本该翻转90°去稳定抑制剂的羰基氧，却固执地指向溶剂区。