3.1.1 质量评估：FastQC, MultiQC

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3.1.1 质量评估：FastQC, MultiQC 在高通量测序（NGS）的整个分析链条中，上游处理（Upstream Processing）绝非一道可有可无的“前置工序”，而是一道决定整条分析流水线成败的质量闸门。它不生产新数据，却裁定哪些数据值得被信任；它不推导生物学结论，却悄然埋下假阳性、假阴性乃至系统性偏差的种子。当我们在下游苦苦调试比对参数、优化变异检出模型、反复验证差异表达基因时，若原始FASTQ文件里早已潜伏着接头残留、低质量末端、批次效应污染或样本标签错配——那么所有后续努力，不过是沙上筑塔。而在这道闸门的第一道哨卡，便是质量评估（Quality Assessment）。它不是走马观花地扫一眼，也不是依赖某个软件默认报告里的绿色对勾就心安理得地点击“Next”。