3.2.3 高变基因筛选（Feature Selection）

文档摘要

3.2.3 高变基因筛选（Feature Selection）在单细胞转录组分析的下游处理链条中，高变基因筛选（Highly Variable Gene Selection, HVG）绝非一个可有可无的“预处理装饰项”——它是整条分析流水线的第一道逻辑闸门，是降维、聚类、轨迹推断乃至差异表达分析的共同基石。我们常听到“先做HVG再PCA”，却少有人追问：为什么是这3000个基因，而不是2999或3001？为什么Seurat默认用法而Scanpy偏爱？当你的UMAP图上细胞类型边界模糊、拟时序分支出现异常跳变、或者批次校正后仍残留强技术噪声时，问题的根子，十有八九就埋在这一步的参数选择与实现细节里。这不是一个“调个函数、设个就能跑通”的黑箱操作。