3.3.3 细胞聚类算法：Graph-based clustering (Louvain, ...

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3.3.3 细胞聚类算法：Graph-based clustering (Louvain, Leiden) 在单细胞转录组分析的浩瀚星图中，细胞聚类从来不是一场简单的“分组游戏”——它是一次对生物学真实结构的逆向工程：我们手握数万个基因、数十万个细胞、百万级稀疏计数矩阵，却要从中还原出组织微环境里那些尚未被命名的免疫亚群、发育轨迹中的过渡态、肿瘤微环境中沉默的基质哨兵。而当PCA、t-SNE、UMAP这些降维工具将高维空间“压平”成一张可视觉化的二维地图时，真正的挑战才刚刚开始：这张地图上没有路标，没有行政区划线，甚至没有经纬度；我们唯一拥有的，是一张由细胞间相似性编织而成的、稠密而模糊的关系网。