7.1.1 批次效应（Batch Effects）的复杂性与校正方法（Harmony, LI...

文档摘要

7.1.1 批次效应（Batch Effects）的复杂性与校正方法（Harmony, LIGER）在单细胞转录组学的现实战场上，我们常遭遇一种看似沉默、却足以瓦解整个生物学结论的“幽灵”——它不携带突变，不表达异常基因，不触发通路富集信号；它只是悄然地、系统性地扭曲细胞间的相似性度量。当一批来自周一上午冻存的PBMC样本，在t-SNE图上固执地聚成一团蓝点，而另一批周四下午新鲜分离的同源样本则凝结为一簇红点，纵使它们在生物学上本应混杂交织——这时，你面对的，不是新发现的免疫亚群，而是批次效应（Batch Effect）。它不是噪声，而是有结构的偏倚；不是误差，而是嵌入高维空间几何中的系统性形变。这绝非数据预处理环节中可被简单“归一化掉”的次要问题。