2.1.1.1 二代测序（NGS）在合成验证中的应用

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2.1.1.1 二代测序（NGS）在合成验证中的应用当NGS读长撞上合成DNA的“幽灵错配”：一个在Illumina NovaSeq上用UMI校正合成寡核苷酸验证失败的真实战场凌晨两点十七分，实验室监控系统弹出告警：一批用于CRISPR-Cas9基因编辑载体构建的合成gRNA文库，在NovaSeq 6000 S4流式芯片上完成测序后，其靶向序列一致性（Target Sequence Concordance, TSC）骤降至83.7%——低于项目红线85%。这不是第一次。过去三个月，我们已在三个独立批次中反复遭遇同一现象：合成链越长（>120 nt），TSC越低；而Sanger测序回溯验证显示，化学合成厂商交付的DNA干粉本身并无明显错误。