5.3.2 随机模拟算法（Gillespie Algorithm）

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5.3.2 随机模拟算法（Gillespie Algorithm）在合成生物学的工程化演进中，我们早已告别了“试错式”构建DNA回路的时代。当一个基因线路被设计出来——比如一个受阿拉伯糖诱导、负反馈调控的振荡器，或一个感知铜离子浓度并触发报告蛋白表达的生物传感器——它是否真能如预期般运行？传统确定性ODE模型给出的答案，常如雾里看花：它告诉你平均趋势，却对单个细胞内分子碰撞的偶然性、低拷贝数反应物的涨落、以及噪声驱动的表型异质性视而不见。而恰恰是这些“偶然”，决定了细胞群体是否同步振荡、是否在阈值浓度下集体响应、甚至是否在压力下分化出耐药亚群。