2.1.2 古菌域（Archaea）
文档摘要
2.1.2 古菌域（Archaea） 在微生物系统发育的星图上，古菌域（Archaea）从来不是一颗安静的恒星——它是一颗脉冲星：表面沉寂，内里狂暴；看似边缘，实为枢纽；被长期误读为“极端环境里的异类”，直到高通量测序、宏基因组分箱（binning）、单细胞基因组重建与进化模型校准这四重透镜同时对焦，我们才真正看清：古菌不是真核生命的旁支，而是它的地质时间尺度上的母体基岩。而今天我们要做的，不是复述教科书里的分类学标签，而是亲手调试一套能从原始宏基因组数据中“钓出”阿斯加德古菌完整MAGs（Metagenome-Assembled Genomes）并验证其真核特征同源性的全栈分析流水线——从原始reads的质量控制，到跨域系统发育树的拓扑稳定性检验，再到eukaryotic
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