5.3.2 冲突信号检测：ILS（不完全谱系分选）、杂交、水平基因转移（HGT）的诊断

文档摘要

5.3.2 冲突信号检测：ILS（不完全谱系分选）、杂交、水平基因转移（HGT）的诊断在系统发育基因组学的深水区，我们常以为构建一棵“好树”就是终点——殊不知，那棵被多数人顶礼膜拜的共识树，很可能是一张精心修饰的“和平协议”：它用统计平均抹平了演化历史中真实的撕裂、背叛与越界。ILS（Incomplete Lineage Sorting）、杂交（Hybridization）与HGT（Horizontal Gene Transfer）不是噪声，而是生命之河奔涌时必然掀起的三重浪——它们不破坏演化，它们定义演化。而5.3.2节所锚定的，正是这场风暴的实时雷达站：冲突信号检测。它不满足于“这棵树不太稳”，它要精准定位“哪一段分支在撒谎”、“哪个基因在私通”、“哪次分裂在时空上自相矛盾”。