3.1.1.2 真实链效应
文档摘要
3.1.1.2 真实链效应 3.1.1.2 真实链效应：当高斯链假设在模拟中轰然倒塌——一个被忽略的键角约束引发的构象坍塌事件全复盘 你有没有试过这样的情景？ 在分子动力学模拟中，你精心构建了一条含50个重复单元的聚乙烯链，采用标准的OPLS-AA力场，Lennard-Jones参数校准无误，库仑项用PME处理得滴水不漏；你设置了1 fs积分步长、NVT系综控温、Berendsen热浴收敛平稳；轨迹跑满100 ns后，Rg（回转半径）却稳定在$ 1.8 \, \text{nm} $——比Flory理论预测值低了整整37%；更诡异的是，链端到端距离$ Re $的分布严重左偏，峰值挤在$ 2.1 \, \text{nm} $，而理论应为$ \sim 3.4 \, \text{nm} $；
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