2.1.1.2 局限性：立体化学与互变异构的处理

文档摘要

2.1.1.2 局限性：立体化学与互变异构的处理当SMILES说“我看见了手性”，它其实在撒谎——一个RDKIT工程师在凌晨三点修复立体化学解析故障的实录凌晨2:47，监控告警弹窗第三次亮起：某批次分子相似性聚类任务中，一对本应镜像对称的化合物（(R)-布洛芬与(S)-布洛芬）被RDKit以0.987的Tanimoto相似度强行归入同一簇。日志里静静躺着一行不起眼的警告：。这不是偶然。这是SMILES作为分子表征“通用语”在立体化学边界上的一次系统性失语——而我们，正站在它溃败的断层线上。一、SMILES不是照片，是速记草稿：为什么“CC@HCC”能骗过人眼，却骗不过原子坐标？先抛开教科书里“SMILES是线性字符串”的定义。